2016年，佩普瓜迪奥拉接手曼城，这一决定让同城对手曼联陷入了“真正的震惊”，因为曼联曾自信的认为他们即将与瓜迪奥拉达成协议，让他成为球队的新主帅。

2016年2月，瓜迪奥拉被宣布将在下个赛季接替曼努埃尔・佩莱格里尼成为曼城主帅，开启了一个新的王朝。在此期间，曼城最终赢得了欧冠冠军、六个英超联赛冠军、两个足总杯冠军和四个联赛杯冠军。

值得注意的是，曼城在2023年赢得了三冠王，成为继亚历克斯・弗格森爵士1999年带领曼联夺冠后，第二支完成这一壮举的英格兰俱乐部。然而，现在有消息透露，曼联在2016年曾自信地认为他们将得到瓜迪奥拉，而不是曼城。

这位西班牙人在2015年12月宣布，他将在赛季结束后离开拜仁慕尼黑，卡洛・安切洛蒂立即被任命为他的继任者，瓜迪奥拉的未来在接下来的赛季中成为了一个巨大的话题。

根据新书《比赛状态》（StatesofPlay）的说法，曼联与瓜迪奥拉的阵营就他可能接替路易斯・范加尔进行了谈判，并认为一项协议“接近”达成。据称，曼联认为他们的“历史和地位”将超过曼城更丰厚的合同报价。

然而，瓜迪奥拉最终与曼城签约，曼联最终任命他的长期竞争对手何塞・穆里尼奥为他们的新主帅。弗格森此前曾承认，他希望瓜迪奥拉在2013年退休时接替他在老特拉福德的位置。

在他2015年的自传《领导》（Leading）中，弗格森回忆道：“2012年，我在纽约与佩普・瓜迪奥拉共进晚餐，但当时我不能直接向他提出任何提议，因为退休不在我的议程上。他已经随巴塞罗那赢得了令人羡慕的众多奖杯……我非常钦佩他。我让佩普在接受另一家俱乐部的邀请之前给我打电话，但他没有，最终他在2013年7月加入了拜仁慕尼黑。”

2016年，瓜迪奥拉加入了曼城而不是曼联。当被问及与弗格森的会面时，瓜迪奥拉在2017年表示他不记得这个请求。“如果他向我提出类似我去老特拉福德的建议，我不记得了，”瓜迪奥拉解释道。

“我知道他这么说过，但我不记得了。我们谈论了生活、足球、英超联赛，但他从未在桌子底下给我发信息说，‘你知道，也许曼联……’之类的话。

“那只是两个朋友，好朋友，足球界的同事，谈论了很多事情。我记得当他说话有点快的时候，很难理解他！但那很不错，因为他选了一家很棒的餐厅，当然，是他付的账。”